Holder ist ein so erfolgreicher und gefragter Miniaturist, dass er seinen zehn Jahre jüngeren Bruder Gottlieb in seine Malerwerkstatt nimmt. Gottlieb kopiert vor allem Porträts seines älteren Bruders. Diese gehen dann nach der Fertigstellung durch Johann Michael in den Verkauf. Nur wenige eigenständige Werke von Gottlieb, die er mit Holder jun. signiert hat, sind bekannt.
Gottlieb stirbt am 3. November 1845 überraschend beim Besuch seiner Schwiegermutter in Rastatt. Im gleichen Jahr wendet Johann Michael Holder als erster Stuttgarter Künstler das neue Verfahren der Daguerreotypie an. Er schwenkt allerdings nicht gänzlich zur Daguerreotypie und Fotografie um, sondern nutzt dieses neue Medium für seine Bildsprache, die Person möglichst wirklichkeitsgetreu abzubilden. Das fotografische Verfahren liefert ihm die Vorlage, die er dann malerisch überarbeitet. Auf Grundlage einer Fotografie können nun auch Miniaturen von bereits Verstorbenen hergestellt werden. Als künstlerisch eigen- ständiges Medium erkennt Holder die Fotografie nie an, sondern nur als Hilfsmittel für seine Malerei.
Johann Michael Holder ist nicht nur ein angesehener, sondern auch ein außerordentlich produktiver Künstler. Nach eigener Aufzählung habe er allein 2300 Miniaturen geschaffen. Nur eine Handvoll davon befindet sich heute im öffentlichen Besitz. Die Mehrzahl der Miniaturen dürfte in Privatbesitz oder durch Zerstörung oder Unachtsamkeit verloren gegangen sein. Ein Werkverzeichnis ist noch nicht erstellt, auch eine umfassende Biografie vermisst man bis heute. Sein letztes Atelier in Stuttgart, in der Tübinger Straße 7, verkauft er zum 1. November1859 an German Wolf.
Anderthalb Jahre später, am 22. März 1861, stirbt Holder. Aus der Grabrede von Stadtpfarrer Knapp erfahren wir noch, dass er 37 Jahre verheiratet war und dass von sieben Kindern fünf vor ihm starben. Überlebt haben ein Sohn und eine Tochter. Letztere wohnte mit ihrer Familie im gleichen Haus.